真菌性食管炎的病原菌以念珠菌最为多见，其中最常见的是白色念珠菌，其次是热带念珠菌和克鲁斯念珠菌。其他少见的有放线菌、毛霉菌、组织胞浆菌、曲霉菌、隐球菌以及一些植物真菌等，这些菌是从外环境中获得的，其所引起的原发性食管感染仅见于严重免疫低下的病人。
念珠菌存在于正常人体的皮肤和黏膜，当机体全身和局部抵抗力降低或大量使用广谱抗生素，使其他微生物的生长受到抑制时，念珠菌便会大量生长而致病。因此，念珠菌食管炎多见于：
1、肿瘤患者,并接受放射治疗或药物治疗者。
2、长期接受抗生素或类固醇激素治疗者。
3、糖尿病或再生障碍性贫血患者等。
4、反流性食管炎，食管黏膜有明显糜烂或溃疡者。
5、艾滋病或艾滋病病毒携带者等免疫缺陷性疾病患者。
患上真菌性食管炎的朋友，为了自身的健康着想，是必须尽快接受治疗的，这是因为真菌性食管炎如果耽搁病情的话，有很大可能会形成食管癌，而临床上食管癌的死亡率是非常高的。所以，大家在生活中要是觉察到消化道有问题的时候，应尽快入院接受检查。
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