含牙囊肿的发生是由于停留在牙槽骨中的未萌出牙可刺激造釉细胞，使呈增殖性并产生分泌而形成囊肿，牙釉质被包围在囊内。
含牙囊肿细菌所产生的酶能促使体内血栓形成。含牙囊肿细菌进入血液，会促使人体产生一种作用类似于血小板的胶状蛋白，形成血栓，阻塞血管，导致心脏病和中风。有报告称，含牙囊肿患者发生冠心病和中风的几率分别为正常者的1.4倍和2.1倍。
老年所患肺炎与含牙囊肿疾病关系密切。口腔内的大量细菌可以被吸入肺部，导致肺炎。口腔卫生差者容易发生含牙囊肿，其发生慢性肺部感染及肺功能降低的几率是口腔卫生良好者的2倍。
发达国家里2/3的死婴是早产造成的。患含牙囊肿的孕妇，发生早产和低体重儿的危险性是牙周正常孕妇的7.5倍。美国北卡罗来那大学对早产儿及其母亲口腔疾病的关系进行了调查，发现在一些早产儿体内，有与其母亲口腔存在细菌相对应的抗体，证实这些早产儿与母亲患含牙囊肿有关。
幽门螺杆菌是慢性胃炎、胃溃疡甚至胃癌的致病菌。近年来，研究者在牙菌斑和唾液中检出幽门螺杆菌，且含牙囊肿患者的菌斑中幽门螺杆菌的检出率高于健康者。
此外，含牙囊肿还能引起多种炎症，如风湿性或类风湿性关节炎、肾小球肾炎、虹膜睫状体炎及某些皮肤病等。
因含牙囊肿位于上颌骨内，囊肿增大时可使病侧面颊部和唇龈部隆起，隆起处皮肤和唇龈粘膜正常，隆起表面光滑、乒乓球感或破鸡蛋壳感。可出现病侧鼻塞和眼球向上移位。
含牙囊肿发病年龄高峰在10～39岁，在儿童期，含牙囊肿的发生率较其他颌骨囊肿略高。男性患者多于女性。发病部位和年龄有关：10岁以内患者多位于下颌前磨牙，10～20岁患者病变多位于上颌恒尖牙、下颌第三磨牙和下颌第二前磨牙，20岁以上患者病变多位于下颌第三磨牙。
含牙囊肿的预防最主要的是注意口腔卫生，正确刷牙，定期检查口腔患者的饮食以清淡、易消化为主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意营养充足此外，患者还需注意忌辛辣、油腻、生冷的食物
含牙囊肿可根据病史及临床表现。X线检查对诊断有很大帮助，囊肿在X线片上显示为一清晰圆形或卵形的透明阴影，边缘整齐，周围常呈现一明显白色骨质反映线，但角化囊肿中有时边缘不可不整齐。
疾病症状囊肿区可见受累牙未萌出。囊肿生长缓慢，为膨胀性生长，表现和始基囊肿相似。穿刺可得草黄色囊液，在显微镜下可见到胆固醇结晶。
含牙囊肿患者的饮食应以新鲜、易消化，富含优质蛋白质、维生素、矿物质的食物为主，新鲜蔬菜、水果每餐必备。
多吃有一定防癌抗癌的食物，如菜花，卷心菜，西兰花，芦笋，豆类，蘑菇类，海参，鲨鱼等。
选用具有软坚散结作用的食物：海蜇，紫菜，淡菜，海参，鲍鱼，墨鱼，海带，甲鱼，赤豆，萝卜，荠菜，荸荠，香茹等。但此类食品性滞腻，易伤脾胃，食纳差和发热时要少吃。
不同体质选用不同食物。脾胃虚弱，中气不足可食用乳鸽，鹌鹑，鸡蛋，大枣，圆肉，生姜，大蒜，鲜菇等；肝肾阴虚可用乌鸡肉，猪腰子，黑豆，黑芝麻，核桃，鲍肉等；血虚可食用猪肝，猪骨，鹅血，菠菜，豆制品等。
含牙囊肿的治疗原则为囊肿刮治术，无论上下颌囊肿均可在口内进行手术，手术除去除囊壁外，还需拔除含于囊内的受累牙。但对于儿童萌出期含牙囊肿，当估计患牙可能萌出到正常位置，可打开囊腔，去除上部囊壁，保留患牙，让其自然萌出，其上的牙间隙应用保持器维持，以利其正常萌出。