㈠早期诊断和及时治疗，对提高治愈率和降低死亡率极为重要。一旦确诊，应立即停用原抗生素。
㈡支持疗法：注意休息。输液纠正水电解质紊乱。纠正低蛋白血症。近年来，发现对外霉素所致的水泻，可通过口服葡萄糖盐水来补充氯化钠的丢失，同时纠正酸中毒。
㈢扶植肠道正常菌群抑制难辨（育）梭状芽胞杆菌生长：通常用正常人粪便5～10g，用200ml生理盐水混匀，过滤后保留灌肠。亦可用含乳酸杆菌的牛乳灌肠或口服维生素C与维生素B族、叶酸、乳酶生、谷氨酸等。
㈣药物治疗：万古霉素和不吸收的磺胺类药物，能有效的治疗和预防实验的田鼠伪膜性肠炎和人为的伪膜性肠炎，可使粪中难辨（育）梭状芽胞及其霉素迅速消失。因此，万古霉素列为首选抗菌药物。灭滴灵也能有效地治疗伪膜性肠炎，成人剂量。灭滴灵虽然在上消化道迅速被吸收，但口服后仍能有效地对抗难辨（育）梭状芽胞杆菌，在临床上有使用价值。
近来有学者采用气性坏疽梭状芽胞杆菌多价抗霉素治疗难辨（育）梭状芽胞感染，取得了较好的效果。方法：用50000U加入5%葡萄糖盐水500ml中静滴，1日2次。另外，还有采用高压氧治疗本病。
㈤其他治疗方法：试用解痉剂。个别报告对重症患者试用激素，必要时可应用肾上腺皮质激素。有的主张试用消胆胺（cholestyramine）。在肠道内发挥离子交换作用与梭状芽胞杆菌结合后排出，并可促进回肠末端对胆盐的吸收，以改善腹泻。
