先天性软腭裂的起因可能是遗传因素、甲状腺素缺乏、擅自用药等。
1、遗传因素：遗传因素主要是因为胚胎在发育的过程中遗传了父亲或者是母亲的基因，这样就会引起先天性软腭裂。
2、甲状腺素缺乏：甲状腺素缺乏是由于甲状腺素缺乏以后会影响到苯丙氨酸的代谢，甚至还会引起代谢异常，这样就会诱发唇腭裂。
3、擅自用药：擅自用药主要是因为在怀孕期间服用了一些激素类含量比较高的药物，这样就会影响到胎儿的发育，甚至还会引起胎儿出现先天性软腭裂的情况。
除了以上比较常见的原因以外，如果在怀孕以后经常接触一些辐射比较严重的电子产品，也会引起宝宝出现先天性软腭裂。
