真菌是慢性肉芽肿性关节炎的常见致病因子。各种真菌都可以引起骨关节病变。侵害筋骨系统的最常见真菌是粗球孢子菌、荚膜组织胞浆菌、皮炎芽生菌、申氏孢子丝菌和免疫机能障碍者的念珠菌、曲霉、隐球菌和组织胞浆菌等。真菌感染关节的方式，很少由血行性传播感染，大多是由于邻近关节的骨骼真菌性病灶，直接扩散到关节。孢子丝菌还可以经皮肤及皮下直接侵入关节。球孢子菌由呼吸道吸入肺，也可由皮肤微小损伤进入皮肤，引起原发性肺或皮肤感染。
真菌性关节炎中孢子丝菌的系统型，可并发肺和脑膜的感染。芽生菌可并发骨髓炎。球孢子菌在中下肺叶可并发2～3cm直径的结节，半数有邻近关节骨骼骨髓炎。
真菌性关节炎的多数病例表现为慢性无痛性关节炎。由于身体原有病变吸引着患者和家属的注意力，关节部位的不适、肿胀、活动范围减少、少量积液等症状常被忽略。有时直到关节内的骨和软骨出现不可逆损害时，才被注意到。真菌性关节炎的具体临床特征如下。
1、念珠菌:念珠菌性关节炎主要发生于播散型念珠菌病患者，多见于膝关节，也有相当一部分患者为多关节受累。
2、孢子丝菌:临床上将孢子丝菌病分为皮肤型和系统型两类。皮肤型表现为结节、毛囊性脓疱、斑块、疣状、肿瘤状损害及溃疡。沿淋巴管向近侧作带状传播时，呈典型带状分布，皮肤损害为蚕豆大小的肉芽肿、结节、脓肿和溃疡。系统型表现为肺和脑膜的感染，而最常见的是侵犯骨骼和关节。
孢子丝菌关节炎的受累关节以上下肢大关节较多，可以是单个或少数几个关节受累，也可以是多关节，同时可有内脏及皮肤受累。关节炎呈亚急性或慢性过程，也可有周围皮肤损害或窦道形成。
3、皮炎芽生菌：广泛分布于自然界中，如土壤、木材中。本病发病过程常表现为急性发病，全身中毒症状明显，可有发热、局部化脓及形成窦道。关节炎与皮肤和肺部损害常同时存在，受累关节多见于膝关节和踝关节，发病过程大多是由于经血源性感染引起芽生菌骨髓炎，再由骨髓炎延及关节，引起关节炎。
4、球孢子菌病：受累关节多为单关节，好发于踝关节、膝关节以及腕、肘关节，组织病理显示化脓和肉芽肿相互交替出现。临床表现与其他肉芽肿性关节炎类同，主要表现为关节疼痛、肿胀。X线摄片除软组织肿胀外无明显改变，少数有关节间隙狭窄。半数有邻近关节骨骼骨髓炎，关节损坏过程缓慢，若不治疗，最终也可造成关节永久性损坏。
真菌性关节炎的预防主要是消除或避免发病因素，改善生活环境空间，养成良好的生活习惯，防止感染，注意饮食卫生另外，注意锻炼身体，增加机体抗病能力，不要过度疲劳、过度消耗易感人群要做好劳动保护
真菌性关节炎在滑膜和关节液中可找到致病真菌，滑膜组织培养比关节液培养阳性率高。如念珠菌病、孢子丝菌病的滑膜液病原菌培养大多是阳性。
X线摄片表现为骨质溶解或骨溶解和骨硬化同时存在，但X线表现很难与其他肉芽肿性关节炎相区别。如念珠菌病X线摄片检查可见2/3患者邻近关节处有骨髓炎。滑膜液病原菌培养阳性可以确立诊断。
真菌性关节炎的患者饮食要注意清淡，多吃蔬菜水果。注意不要吃肥腻、高脂肪食品，诸如动物内脏、风尾鱼、鲫鱼子、蟹黄、蚬、蛋类、鱼肝油等。猪油、奶油、油条更应禁吃。患者还要注意忌吃海产品，如海鱼、海参、海藻、紫菜等。
真菌性关节炎的治疗通常使用两性霉素B静脉滴注和关节内注射，或用酮康唑、克霉唑口服。病灶清除是缩短治疗时间和治愈关节炎的重要手段。根据不同的真菌治疗情况有所不同。
1、念珠菌病治疗：首先要去除患病诱因，再用两性霉素B关节内注射和静脉滴注，或者用酮康唑、克霉素口服。此外，也可以采用手术清除关节内病灶方法来治疗。
2.、孢子丝菌病治疗：据报道碘制剂疗效较好。方法是10％碘化钾溶液，口服，每天3g，若无不良反应，可增至每天6g，疗程1～3个月。症状于用药2周左右改善，皮损消退需4～12周。两性霉素B静脉滴注或关节注射，配合以手术清除肉芽肿性滑膜效果可更好，也有用关节内碘化物注射治疗的报道。
3、芽生菌关节炎：用两性霉素B静脉滴注和关节内注射，效果非常好。
4、球孢子菌病：治疗播散性病例，强调两性霉素B或酮康唑足量使用。手术切除肉芽肿结节，可缩短病程。