恶性肉芽肿的病因未明，有肿瘤、变态反应或自身免疫和病毒感染等学说。
类肿瘤学说
多数学者认为本病是淋巴系统的恶性肿瘤，类似网状细胞肉瘤或淋巴瘤，有肿瘤性增生的异形细胞及分裂相，无坏死性血管及多核巨细胞。本病限于鼻部和呼吸道，至病晚期，身体各处如内脏、淋巴结及骨髓均可显示同样病变，故极似恶性肿瘤之转移。部分病人放射治疗可获痊愈，符合肿瘤学说。
变态反应或自身免疫
近年研究认为本病为一种过敏现象，尤为血管对细菌毒素之过敏反应，极似Arthus坏死现象。在毛细血管壁内有免疫球蛋白沉积，并在疾病活动期病人血清中出现免疫复合物，应用免疫抑制剂治疗，症状缓解时则消失。免疫荧光试验，发现肾小球甚底膜有C3和lgG，电镜检查看到基底膜内有免疫复合体一样的粗颗粒状物，环免疫复合物升高。故有人认为鼻部恶性芽肿、结节性动脉周围炎及Wegener肉芽肿同属一类疾病，唯症状不同而已，皆为自身免疫性疾病。
病毒感染学说
新近研究发现，在采取恶性肉芽肿组织进行细胞培养及病人血清内，均找到柯萨奇病毒小体，故认为本病与此病毒感染有关。
恶性肉芽肿早期主要为炎症，患者晚期可并发全身衰竭、脓毒血症、尿毒症、脑膜炎等。因此 ，对于该病，一定要早期发现、早期治疗，避免病情加重，危机生命。
恶性肉芽肿症状根绝其病情发展分为三期：前驱期、活动期和终末期。
前驱期
为一般伤风或鼻窦炎表现，间歇性鼻阻塞，伴水样或带血性分泌物，亦可表现为鼻内干燥结痂。局部检查为一般炎症表现，鼻中隔可出现肉芽肿性溃疡。此期持续4—6周。
活动期
鼻通气不畅或完全阻塞，有脓涕，常有臭味。全身情况尚可，出虚汗，食欲较差，常有低热，少数有高热，用一般抗生素治疗无效。局部检查见鼻粘膜肿胀，糜烂以至溃疡，呈肉芽状，表面有灰白色坏死。多先累及下鼻甲或鼻中隔，明显者可致鼻外部膨胀隆起，病变发展可造成鼻中隔穿孔或腭部穿孔。此期持续数周至数月。
终末期
病人衰弱，恶病质，局部毁容。鼻腔粘膜、软骨、骨质及周围组织如面部、眼眶、额部甚至颅底可严重广泛破坏，眼睑及结膜肿胀，眼球突出，视力减退。最后因衰竭、出血或并发脑膜炎而死亡。
恶性肉芽肿的预防措施如下：
1、预防受到柯萨奇病毒的感染据新近研究发现，患有恶性肉芽肿的体内存在着柯萨奇病毒小体
2、避免出现过敏的症状该疾病患者的血管对细菌毒素会有过敏反应，因此推断与之有关，所以康复后的患者应该避免出现过敏现象
3、积极治疗淋巴系统的恶性肿瘤淋巴系统的恶性肿瘤进行放射治疗有助于肿瘤的消除要避免引起肿瘤的转移进而导致恶性肉芽肿的出现
恶性肉芽肿的检查方法主要有病理切片检查和实验室检查：
1、病理切片检查 呈现慢性非特异性肉芽肿性病变，若出现异型网织细胞或核分裂相即可诊断本病。
2、实验室检查 白细胞计数偏低，红细胞沉降率加快；免疫球蛋白水平偏高；细菌、真菌和病毒培养多无特殊发现。
恶性肉芽肿的饮食注意事项主要有：
适宜饮食
饮食均衡，多食蔬菜、水果，并多饮水，促进毒素排泄。放疗、化疗期间的饮食，应该容易消化且富含蛋白质、维生素、氨基酸的营养物质，如海带、紫菜、龙须菜、海蜇等。经常口含话梅、橄榄、青梅、无花果等，可刺激唾液分泌，减轻干燥症状。
禁忌饮食
饮食上要注意禁忌烟酒、辣椒等刺激性食品。少食或者不食腌制或霉变食物，如咸鱼、咸菜、腌肉等。慎用葱、芥菜，少用热性补药及补品，以防热极化火。化疗后应该注意保持口腔清洁。
恶性肉芽肿的治疗以放疗为主，配合抗癌药物。恶性肉芽肿对放射线敏感，可采用60钴远距离照射疗法和分次照射法，总剂量以60Gy（6000rad）为最好，复发者可补照。
对发热而抗炎治疗无效者，可先采用环已亚硝脲（CCNU）治疗，其作用类似烷化剂，在体内可抑制核酸及蛋白质的合成，奏效快，短期治愈率高，尤以退热效果为佳，退热后再予放疗，疗效较好。发热时也可先用类固醇激素类药物控制体温后，即刻放疗。