咽峡炎常为上呼吸道感染的一部分，也可单独发生。多发生于秋冬及冬春之交。其具体发病原因如下所述。
1、病毒感染：以柯萨奇病毒、腺病毒、副流感病毒多见，多通过飞沫和亲密接触传染。
2、细菌感染：以链球菌、葡萄球菌和肺炎双球菌为主，还有梭形杆菌等。若细菌或毒素进入血液，甚至发生远处器官的化脓性病变。
3、其他病菌：螺旋体等。
4、诱因：很多致病菌都是条件致病菌，平常共生于健康人的口腔中，而不致发病。但在机体抵抗力下降时，如过度疲劳、营养不良、压力过大、情绪低落、环境卫生条件差、维生素缺乏、胃肠道疾病、口腔不洁、龋病、恶病质、血液病、中毒等，皆可诱发本病。也可因为共用餐具而传染致病菌。
咽峡炎很容易诱发肾炎（慢性肾盂肾炎）和心脏病。樊尚咽峡炎的极少数病例会并发坏死性口炎。但大多为轻型病例，有自限性，1～2周好转。
咽峡炎分为儿童疱疹性咽峡炎和樊尚咽峡炎（又叫溃疡性咽炎或溃疡性扁桃体炎），其具体临床表现如下所述。
1、儿童疱疹性咽峡炎，多见于3～10岁儿童，好发于夏秋季。同一患者可多次发生，每次由不同型别病毒引起。潜伏期3～10天。多以突发高热开始，24h～48h可达高峰，升至39℃～41℃，伴头痛、咽部不适、肌肉疼痛等，婴幼儿常有呕吐、拒食，甚而发生高热惊厥。但大多为轻型病例，有自限性，1～2周好转。
2、樊尚咽峡炎的症状随病变轻重而不同。有6～7天的潜伏期。主要症状是咽痛，多为单侧，伴有头痛、背及关节疼痛，全身不适，可伴有低热，一般不超过38.5℃，全身症状较急性扁桃体炎为轻。而继发于血液病者，则全身症状较重。患者常有口臭，舌苔厚。病变多局限于一侧扁桃体，也可累及腭弓、牙龈及咽壁。病变处覆有厚而污秽的假膜，呈黄色或灰白色，为溃疡的坏死物所构成，易于拭去，拭去后溃疡面上有小出血点。患侧下颌角淋巴结常早期肿大，有触痛。
咽峡炎的预防首先应保证充足的睡眠，同时随气温变化及时增减衣服坚持锻炼身体，提高机体抵抗力戒除烟酒，多饮水，加强营养，避免挑食及熬夜，注意休息，避免劳累
咽峡炎检查可见咽峡明显充血，部分可见软腭、悬雍垂水肿。颌下淋巴结肿大，且有压痛。
儿童疱疹性咽峡炎，在软腭的后部、咽、扁桃体等处可见红色的晕斑，周围有特征性的水疱疹或白色丘疹(淋巴结节)。
樊尚咽峡炎者常有口臭，舌苔厚。病变多局限于一侧扁桃体也可累及腭弓、牙龈及咽壁。病变处覆有厚而污秽的假膜，呈黄色或灰白色，为溃疡的坏死物所构成，易于拭去，拭去后溃疡面上有小出血点。
血常规检查若白细胞总数及中性粒细胞增高，提示细菌感染，若不增高，则可能为病毒感染。
咽峡炎患者宜吃清热解毒的食物，如柠檬；抗菌消炎的食物，如香椿；可以增强人体免疫力的食物，如鲫鱼汤。忌吃油腻的食物，如羊油、牛油、猪油等；腥发的食物，如菊花茶、羊肉、鲢鱼等；辛辣刺激的食物，如花椒、辣椒、生蒜等。
咽峡炎需要进行一般治疗、抗感染治疗、对症支持治疗及局部治疗，具体治疗方法如下所述。
1、一般治疗
卧床休息，避免劳累，注意保暖，保持心情舒畅，多喝水，吃稀软食物，禁烟酒，禁止辛辣饮食，保持大便通畅。
2、抗感染治疗
细菌感染者，可给予抗生素口服、肌肉注射或静脉点滴，首选青霉素类或头孢类，也可根据细菌培养及药敏试验结果选择敏感抗生素。病毒感染者，可口服抗病毒冲剂、阿昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒药，一天三次，也可静脉点滴维生素C，一天一次。
3、对症支持治疗
人体每天需要摄入2000毫升液体。如果咽痛剧烈不敢吞咽，可静脉给予葡萄糖、生理盐水、能量合剂等，补足生理需要量。发热患者由于汗液蒸发，补液量应该更大。发热38.5℃以上，可给予冰袋冷敷或酒精擦浴。儿童患者高热容易出现惊厥，应在惊厥发生前积极降温。
4、局部治疗
复方硼砂溶液、生理盐水或3％过氧化氢含漱。清咽滴丸6丸或点舌丸2丸含服，每天三次，可帮助减轻咽部不适症状。