埃可和柯萨奇病毒经呼吸道或口腔进入消化道，侵入肠道黏膜，在该处的上皮细胞及肠壁淋巴组织中居留和增殖，在早期也可在咽部淋巴组织停留和增殖，时间较短。病毒可从上述部位经淋巴及血液循环到达全身各器官，引起内脏器官病变。
小儿埃可及柯萨奇病毒感染可引起脑膜脑炎、脑脊髓炎、心肌-心包炎等，可致各脏器功能损害。新生儿患病可发生猝死或慢性充血性心力衰竭，也可发展为慢性心肌炎、心肌病、缩窄性心包炎、心内膜弹力纤维增生症、心肌缺血和梗死。
小儿埃可及柯萨奇病毒感染时，临床表现极为多样化，常为多种表现同时存在。
一、神经系统感染
1、脑膜脑炎
一般认为该两种病毒可引起脑炎及无菌性脑膜炎综合征。一般发病急，均有发热，轻重不等，以轻型为多。轻者可无脑膜脑炎的临床表现及体征，脑脊液检查异常才被发现。常见症状和体征有恶心、呕吐、头痛、脑膜刺激症状等。同时伴有咽痛、腹痛、腹泻等非特异性表现。
2、瘫痪疾病
与脊髓灰质炎相比，该两种病毒引起瘫痪发生率较低。患者症状轻、恢复快、预后好。
二、心脏疾病
此两种病毒可引起心肌-心包炎。新生儿患病可为胎内感染，病情重、预后差，可发生猝死或慢性充血性心力衰竭。心肌-心包炎的轻重程度悬殊，轻者仅有心电图改变，重者出现面色苍白、发绀、咳嗽、呼吸困难、心率增快、心脏扩大、心音低钝、肺部啰音，肝脏增大等表现。
三、呼吸道感染
埃可及柯萨奇病毒许多型可引起上呼吸道感染，少数引起下呼吸道感染。由于型别不同，同一患儿可多次发生。患儿突然出现发热、咽痛、头痛、腹痛。咽部初起充血，继而出现灰白色疱疹。疱疹破崩，形成黄色溃疡。
四、发疹性疾病
皮疹出现于其他部位感染时，仅为一种表现。皮疹的形态、数量和分布变化多，可为斑疹、斑丘疹、水疱疹、荨麻疹、偶见瘀点。皮疹部位不定，一般2～4天消退，不留痕迹。有一种手足口病，主要由柯萨奇病毒A16、A5、A10引起，多见于4岁以内年幼儿。其特点为口腔内见小疱疹或溃疡，位于舌、颊黏膜及硬腭处，偶见于软腭、牙龈、扁桃体。
五、腹泻
腹泻可见于四季，尤以夏秋季为多。埃可及柯萨奇病毒感染为婴幼儿腹泻的常见病因。患儿大便多为黄色或黄绿色稀便，可带黏液，偶见少量血液。
六、其他疾病
患者尚可见流行性胸痛或肌痛，尚有四肢肌肉酸痛和全身肌痛。疼痛程度不等。轻者感紧压样及胀痛，重者似刀割、针刺。胸腹痛时咳嗽及深呼吸时加剧，腹部可有压痛，甚至出现腹肌痉挛及强直。
小儿埃可及柯萨奇病毒感染目前尚无预防疫苗对于体弱或新生儿有密切接触史者，可注射丙种球蛋白3～6ml或胎盘球蛋白6～9ml丙种球蛋白与抗生素合并使用，可提高对某些严重细菌性和病毒性疾病感染的疗效胎球蛋白是一种可以增加人体免疫功能的生物制品，从健康产妇的胎盘中提取由于成人大多发生过麻疹、甲型肝炎的显性(指发病)或隐性(指不发病)感染，血清中含有相应的抗体，因而胎盘球蛋白可用于某些病毒病的预防
小儿埃可及柯萨奇病毒感染在确诊时，除依靠其临床表现外，还需借助化学检查。主要的检查方法有以下几种：
1、血常规检查
白细胞多在正常范围，分类亦无明显变化。
2、脑脊液检查
脑膜炎、脑炎患者的脑脊液可呈非化脓性炎症改变，压力轻度增高，白细胞数轻度增多。
3、病毒分离
用组织培养和动物接种分离病毒，如能从病人血液、脑脊液、心包液、疱疹液及组织中分离到病毒则可作为确诊依据。
4、血清学检查
特异性高的抗体为中和抗体，病后2周开始升高，3周时达高峰，可维持3～6年，故不能用于早期诊断。国内有人用亲和素-生物素复合酶-间接免疫组化法(ABC-IPA)可检测患者血清及脑脊液中的柯萨奇B组病毒IgM抗体，有早期诊断价值。
小儿埃可及柯萨奇病毒感染饮食宜清淡富于营养，注意膳食平衡。忌辛辣刺激食物，以免造成病情反复的情况。多吃新鲜的蔬菜和水果，多食用可提高免疫力的食物，如山药、乌龟、香菇、猕猴桃、无花果、苹果、沙丁鱼、蜂蜜、牛奶、猪肝等，以提高机体抗病能力。
小儿埃可及柯萨奇病毒感染，目前无特效抗病毒药物，主要采取对症处理。心包炎时如诊断明确，无需穿刺放液。有颅压高时用20％甘露醇。心力衰竭用洋地黄类制剂，以快速或中速制剂为宜。
1、对症处理
本病临床治疗以对症处理为主。急性期宜加强护理、注意休息，保持适当进食和水分；吐泻者要纠正脱水、酸中毒；惊厥和严重肌痛者给予镇静止痛药；急性心肌炎伴心衰应快速洋地黄化，并及时供氧；轻瘫时注意肢体温湿敷，并予以相应理疗、针灸；对体弱者、婴幼儿危重者，支持疗法不应忽视。
2、抗病毒治疗
重症者可考虑使用干扰素、利巴韦林等核苷类抗病毒药物。免疫球蛋白中存在多种肠道病毒的中和抗体。高危儿出生后肌注入血丙种球蛋白250mg，可减少发病及减轻病情，也可用静脉用人血丙种球蛋白(IVIG)，每天400mg/kg，应用3～5天，早期可阻止肠道病毒在患儿体内复制。。