周期性内斜视发病原因至今不明，主要有以下几种看法。
1、大脑优势学说
周期性内斜视可能与大脑优势的变更有关。表现为患者不特别选用某只手。这些现象可能表明大脑半球一侧的活动并非始终对另一侧保持优势,此种学说未被多数学者证明。
2、融合机制失调学说
认为周期性内斜视大多数患儿都有不同程度的远视，由于远视经常需要调节从而相应地增加了辐辏作用，使眼球易向内偏斜所以在出现显性斜视之前可能就有较大的内隐斜。由于外融合力加以控制，使眼位不发生偏斜。后因某种原因，如精神或心理因素、外界环境及内在疾病等因素破坏了眼位的平衡，使外融合力对内隐斜的控制失调而出现隔日性间歇性或者恒定性内斜视。
3、生物钟机制学说
不少学者认为周期性内斜视与机体正常“生物钟”现象障碍有关。
周期性内斜视患者可能会导致视力发育不良而造成弱视，同时术后如果不注意护理，容易并发感染。常有明显诱因，如发热、惊吓、外伤等，开始为周期规律性内斜视，随后逐渐变为恒定性内斜视。
周期性内斜视的病人因为眼位不正，其注意一个物体时，此物体影像于正常眼落在视网膜中心凹上，斜视眼则落在中心凹以外的位置，如此视物就会出现复视情形。此病的具体临床表现如下。
一、眼位周期性变化
一般周期为48h，即患眼一天呈现内斜视，一天呈正位，少数表现为72h或96h1个周期，有人报道周期性变化在1个月～1年即消失，转为恒定性。
二、斜视度
在出现斜视时，多呈大角度内斜视，一般在30°～40°（或40°～50°），且远近斜视度相等或相近，部分病例可伴有轻度V征。
三、视功能
视力一般正常，斜视时无双眼单视和立体视，部分病例斜视时可有复视，正位时表现二类不同情况，一类呈现完全正位，此时患者双眼单视与立体视完全正常，且有生理性复视现象。另一类，患眼并不完全正位，而呈小角度内斜视，但仍为正常视网膜对应。
四、非调节性
周期性内斜视患者的屈光度一般在2.00D左右，戴镜与否与眼位变化无关，但可获得融合，AC/A比率可高于正常。
五、眼球运动
眼球运动不受限，但可表现为内直肌亢进。
六、突然发病
常有明显诱因，如发热、惊吓、外伤等，开始为周期规律性内斜视，随后逐渐变为恒定性内斜视。
七、EMG检查
有的病例有外直肌EMG异常。
八、其他
周期性内斜视的眼位变化基本规律，但仍有3种变异情况。
1、眼位的周期规律变异：可因情绪等原因而暂时发生紊乱，出现连续2天内斜或连续2天正位的现象，有的病例眼位周期可缩短为24h，甚至12h。
2、正位相与斜位相时间的变异：正位相与斜位相的时间可以相等，也可以不相等，患者眼位变换交替的具体时间，只在某个阶段相对地固定，而过一段时间，同一病人的眼位变换又固定在另一具体时间。
3、斜视度的变异：周期性内斜视患者的斜视角不很稳定，常有变化，在每个斜视日的斜视度可出现不同。非斜视日有时为正位，有时为小角度内斜视。
典型的周期性内斜视具有特异的临床表现，诊断并不困难，但对已转变为恒定性内斜者应详细询问病史才能有所了解，对变异型者应观察数日方可诊断。
周期性内斜视发病原因至今不明周期性内斜视可能与大脑优势的变更有关周期性内斜视无预防，早发现、早诊断是主要防治措施
周期性内斜视的诊断主要是依靠临床表现，无特殊实验室检查，部分病例眼外肌（外直肌）肌电图异常，通常做眼科检查和视力验光。
周期性内斜视除了常规的治疗外，饮食上还要注意下列方面：患者的饮食只需根据平时的饮食习惯就好，只是生活问题更需要多加注意。
周期性内斜视为非调节性，戴镜不能矫正眼位，以手术治疗为主。
1、在发病后至少观察6个月，再行斜视矫正术。
2、手术量应根据斜视日的斜视度计算，无论在斜视日或非斜视日手术，术后不会引起过矫，周期性改变可消失。
3、手术时机原则上变为恒定性斜视后再手术，但有的病例数年以上一直维持周期性，此时应当及早做内直肌减弱术。手术方法大都主张行双眼内直肌后退术或患眼内直肌后退和外直肌缩短术，常可获得满意效果。