多囊肾的病因是基因缺失，其中成年型多囊肾常是由于16号染色体的基因缺失，偶然是由于4号染色体的基因缺失，是外显率为100％的显性遗传，因此单亲的染色体缺失将使其子女有50％的可能性遗传该疾病，婴儿型多囊肾是常染色体隐性遗传，父母双方均有该病的基因改变才能使其子女发病，发病概率为25％，
1、发病机制
肾囊肿衍生于肾脏的上皮结构，原发于肾小管和包氏囊，所有的肾囊肿都有某些常见的结构成分，包括上皮质，膨胀的囊肿内含肾小球的滤液，
（1）常染色体显性遗传型PK：95％以上的典型患者是由第16对染色体短臂上的异常基因引起，加上感染和中毒作用于小管，激发囊肿基因改变了小管细胞代谢，直接造成上皮细胞坏死，造成梗阻亦促进细胞增生致囊肿形成，
（2）常染色体隐性遗传型PK：是由DNA突变引起，但缺陷的等位基因的染色体位点尚不清楚，患儿之父母并不患病，但都携带这种病的基因才能使其子女发病，此病罕见，
2、病理变化
（1）婴儿型多囊肾（infantilepolycystickidney）：是常染色体隐性遗传，均伴肝脏病变，虽然主要见于年幼儿，但也可发生于年龄较大的儿童及成人，双肾显著增大，外形保持正常，表面光滑，但胎儿肾脏的分叶状态较正常肾更明显，因肾的皮髓质被小囊肿所侵犯，故切面呈海绵状或蜂窝样，组织学检查，肾实质被多数与肾表面成直角排列的长的囊肿所代替，在被膜下可看到少数正常的肾小球及曲管，肾功能检查显示囊肿是肾单位的功能部分，显微解剖可见囊肿为扩张的集合管，输尿管及膀胱发育正常，严重病例，由于胎儿尿少导致膀胱发育不良，根据症状出现时年龄，婴儿型多囊肾可分为4个临床亚型。
①围产期（perinatalperiod）型：由于婴儿腹部膨隆，产程往往长而不顺利，可见小儿循环不良及呼吸困难，呈现典型的Potter面容，有时因并发肺发育不全，纵隔积气而出现发绀，显著呼吸困难，可于出生时或生后不久死亡，有些婴儿出生时可触及巨大肾脏，生后有尿毒症，脓尿，血尿及高血压，围产期可能存活，这些婴儿肾脏的90％或更多的肾组织为囊性或发育异常，静脉泌尿系造影双肾不显影，肾超声波检查可证实大而多囊的肾，排尿性膀胱尿道造影显示膀胱正常，无反流，无尿道梗阻，如出生时就有尿毒症则预后不良，死产的百分率高，绝大多数尿毒症婴儿均于围产期或生后3个月内死亡。
②新生儿型：在新生儿期存活者，常有进行性尿毒症，高血压，并可触及双侧肾增大，经肾超声波检查，囊肿病变范围广泛，约60％肾单位发育异常，多于生后6月内死于尿毒症，有些患儿经适当限制饮食中的蛋白质，治疗肾性酸中毒，高磷血症及高血压可使尿毒症减轻，肾功能改善，病儿可存活到儿童期，但肝脏的病变随年龄增长逐渐显现。
③婴儿型：有25％～50％肾单位有囊性肾发育异常，临床表现为生长迟滞，进行性尿毒症以及儿童期的肝功能衰竭，在出生时难与新生儿型区别，只是婴儿型在婴儿期没有进行性尿毒症。
④童年型：由于双侧肾囊性病变小于10％，而肝脏病变广泛，故在10～20岁时表现肝病变，只有做尸检时才偶然发现有多囊肾。
（2）成人型多囊肾（adultpolycystickidney）：本症是常染色体显性遗传，约3％病例于小儿期就开始有症状，但在小儿引起肾功能衰竭者罕见，双侧肾增大，大小不规则的囊肿散在于皮质及髓质，夹杂有正常肾实质，囊肿可在肾单位或集合管的任何部位，肾小球囊肿是成人型多囊肾在早期的一个特点，成人的并发症（出血，结石及感染）不常见于小儿，也往往不严重，散在局灶性肝囊肿只占成人患者的1/3，不产生功能障碍，脾及胰囊肿不常见。
小儿多囊肾除了其临床表现外，还可引起其他疾病。本病常并发急性感染，结石，重者发生慢性肾功能不全，可并发高血压，贫血，最终出现尿毒症。
50岁前有症状的，存活时间较长，常有家族史，症状分为两方面，一方面与囊肿有关，另一方面与肾功能受损有关，与囊肿有关的症状为不适，腰痛，腰部肿物，血尿，急性感染，以及当血尿或并发结石通过输尿管时可发生绞痛，病变进展时，肾组织受压，肾功能受损则有慢性肾功能不全，最终出现尿毒症，肾功能衰竭出现前，常有尿浓缩能力降低，70％以上患者有高血压，体检可触及双肾肿大，表面呈结节状。
1、常染色体显性遗传型PK可有数十年无症状，直到囊肿长到比较大时才出现症状，早期症状和体征包括腰，背痛，腹部肿块，肉眼血尿，尿路感染和高血压，肾结石比普通人群常见，罕见继发于破裂的动脉瘤的颅内出血，肿大的肝脏常见，约半数病人肾功不全。
2、常染色体隐性遗传型PK明显肿大的肾脏伴有肺发育不良，Potter特殊面容和肾功不全，主要见于新生儿，在年长儿，高血压，水肿，尿路感染和门脉高压可以是危重的信号。
遗传咨询有助于预防发生多囊肾，近年由于遗传病学的深入研究，发现在16号染色体短臂上有血红蛋白α-链基因及磷酸羟乙醇磷酸酶（phosphoglycollatephosphatase）的基因，经阴道吸取绒毛膜的绒毛标本通过特殊的DNA探针（DNAprobe）进行DNA分析，对成人型多囊肾可正确做出产前诊断，从而可考虑及早终止妊娠，过去早期诊断主要靠超声波检查，但在胎儿肾囊肿出现以前，超声波检查也无能为力，现在采用DNA探针，不但在产前可检出成人型多囊肾，且于出生后或对成人也能将成人型多囊肾与其他肾囊性病相鉴别
小儿多囊肾除有轻度蛋白尿及尿比重低外，尿常规检查常无异常发现，当有血尿及感染时，则尿内有红，白细胞，末梢血白细胞增高，肾功能受损时，肌酐增高，出现尿毒症时，电解质紊乱，出现代谢性酸中毒等，超声，静脉尿路造影及CT检查是主要的确诊手段，肾外形增大，轮廓不规则，肾盂肾盏因被囊肿挤压而变形，肾盏可延长，弯曲呈蜘蛛腿样或呈新月状，X影像与肾肿瘤相似，但本症病变广泛且为双侧性，上述X线表现罕见于10岁前，但B型超声波检查可较早期检出囊肿，逆行肾盂造影有导致感染的危险，而肾穿刺活体组织检查则有出血的可能，约1/3病例合并肝囊肿，但不引起肝功能障碍，其他器官如膀胱，附睾，肺，卵巢，睾丸，胰，脾，甲状腺及子宫也可有囊肿，6％患者有脑血管意外。
小儿多囊肾患者在饮食方面要做到规律、合理，即以高蛋白、高维生素食物为主。选择营养价值高的植物或动物蛋白，如牛奶、蛋类、鱼类、瘦肉、各种豆制品等。各种新鲜蔬菜、瓜果富含维生素，营养价值高。
小儿多囊肾尚无特异治疗方法，控制血压和感染能有效延缓肾功能衰竭的进展，对症和支持治疗措施如下：
1、抗高血压药物控制高血压等。
2、抗生素主要用于治疗并发的急性肾盂肾炎，控制尿路感染，少数出于预防的目的。
3、治疗囊内出血抑肽酶静脉或囊内注射对多囊肾囊内出血最有效，在没有抑肽酶的情况下，可使用巴曲酶（立止血）静脉或肌内注射以及应用作用于血管壁的止血药物，大量硫酸鱼精蛋白静脉滴注也有效。
4、手术对肾周脓肿，蛛网膜下腔动脉瘤出血或巨大肾脏可考虑。
5、肾替代疗法针对肾功能不全进行治疗，必要时透析和肾移植，目前在国际上，现代透析技术的充分性和个体化已使多囊肾患者的预后相当良好，随着HDF，Biofiltration等现代透析技术在我国的推广和普及，越来越多的多囊肾患者可望长期存活。
6、囊肿穿刺最初比较普遍地使用囊肿穿刺治疗本病，以图延缓肾功能衰竭的进展，但疗效未肯定，后来基本未被采用，但近期有部分作者用于个别较大的囊肿，本章作者本人常对单个或多个巨大囊肿进行穿刺抽液，然后根据囊的大小分别注射2～5ml无水酒精，观察数月，囊体未恢复至原来大小，但其对肾功能进展的远期延缓作用未知。
多囊肾患者肾功能常呈线性减退，在无降压治疗时，同一家族的患者在相似的年龄进入终末肾功能衰竭（ESRF），但在30％的多囊肾家族，可在80～90岁仍未进入ESRF。